Descrizione Del Corso

RNA-seq Data Analysis

Il corso coprirà gli aspetti teorici dell’analisi bioinformatica di dati RNA-seq e sarà soprattutto orientato agli aspetti pratici necessari per condurre autonomamente e con successo un’analisi completa dal proprio computer portatile.
Le fasi computazionalmente onerose saranno effettuate sui server “cloud” di Sequentia Biotech da cui sarà possibile accedere attraverso il terminale del proprio portatile.
Il corso sarà tenuto in lingua italiana.

Dettagli

A chi è rivolto

Il corso è diretto a biologi molecolari, biotecnologi e genetisti che lavorano nel campo della genetica vegetale e che sono interessati ad apprendere le metodiche di analisi dei dati provenienti da esperimenti di RNA-seq.
Possibili beneficiari del corso sono ricercatori sperimentali e bioinformatici che lavorano su specie vegetali.

Requisiti di partecipazione

Non sono richieste conoscenze di programmazione o di bioinformatica, tutte le nozioni necessarie saranno fornite nell’ambito del corso.
Si richiedono conoscenze di base di biologia molecolare e di statistica. I partecipanti effettueranno tutte le esercitazioni sui loro computer portatili, qualsiasi sistema operativo è compatibile, si consigliano almeno 2GB di memoria RAM.
È necessario utilizzare software gratuiti specifici, seguire questo link per scaricare i software necessari:

In caso di problemi di installazione il personale Sequentia Biotech aiuterà i partecipanti nei processi di installazione all’inizio del corso.

Programma generale del corso

  • Introduzione ai concetti di base dell’analisi RNA-seq: procedura e disegno sperimentale, analisi bioinformatica e statistica dei dati
  • Introduzione a Linux
  • Introduzione ad R
  • Controllo di qualità delle reads
  • Mapping delle reads contro un genoma di riferimento
  • Controllo di qualità del mapping
  • Quantificazione dei livelli di espressione di geni e trascritti
  • Controllo di qualità dell’esperimento
  • Analisi differenziale di espressione di geni e trascritti
  • Gene Ontology Enrichment Analysis (GOEA) dei geni/trascritti differenzialmente espressi

Programma Dettagliato

1° Giorno
9:30 – 11:00 Introduzione al RNA-seq (1)
11:00 – 11:30 Coffee Break
11:30 – 13:30 Introduzione al RNA-seq (2) / Controllo di qualità delle reads
13:30 – 15:00 Pausa Pranzo
15:00 – 16:00 RNA-seq data mapping
16:00 – 17:00 Sessione pratica: Introduzione a Linux
17:00 – 18:30 Sessione pratica: controllo di qualità delle reads
2° Giorno
9:30 – 11:00 Sessione pratica: mapping delle reads (1)
11:00 – 11:30 Coffee Break
11:30 – 13:30 Sessione pratica: mapping delle reads (2)/ quantificazione dei livelli di espressione dei geni
13:30 – 15:00 Pausa Pranzo
15:00 – 16:00 Introduzione a Cufflinks
16:00 – 18:30 Sessione pratica: quantificazione dell’espressione ed analisi differenziale di trascritti
3° Giorno
9:30 – 11:00 Introduzione all’analisi differenziale di geni
11:00 – 11:30 Coffee Break
11:30 – 13:30 Sessione pratica: Introduzione ad R
13:30 – 15:00 Pausa Pranzo
15:00 – 18:30 Sessione pratica: analisi differenziale di espressione di geni e GOEA

Costo e Registrazione

500,00 euro + IVA.
Disponibile sconto 10% per i Soci SIGA (Società Italiana di Genetica Agraria) o afferenti a gruppi di ricerca il cui coordinatore è socio SIGA
Sono compresi (oltre al corso):
- Materiale didattico
- 3 coffee Break
- Gadget Sequentia Biotech

Per rendere l’esperienza del corso più efficace abbiamo fissato a 16 il numero massimo di partecipanti. Il corso si terrà solo in presenza di un numero minimo di 9 partecipanti.

Procedi con la Registazione 15-16-17 Marzo

Venue

All’interno della struttura non c’è possibilità di parcheggio.