Consulenza bioinformatica

panoramica

Ottieni approfondimenti biologici dai tuoi dati omici

Le tecnologie omiche generano enormi quantità di dati, ma estrarne valore reale richiede competenze specializzate. La nostra missione è semplificare questa complessità e fornire una visione chiara del potenziale biologico nascosto nei tuoi dataset. Dagli studi mirati ai progetti su larga scala e ad alta complessità, offriamo la giusta combinazione di strumenti, metodologia e visione scientifica per aiutarti a procedere con fiducia.

Genomica

Trascrittomica

Metagenomica

Epigenomica

Proteomica

Metabolomica

Integrazione multi-omica

come ti aiutiamo

Guida scientifica end-to-end

Dalla prima discussione all’interpretazione finale, il nostro team offre un supporto strutturato e guidato dalla scienza in ogni fase del tuo progetto. Garantiamo rigore analitico e manteniamo una comunicazione chiara e costante durante tutto il processo. Che tu abbia bisogno di una guida sul disegno sperimentale, di aiuto nella scelta della giusta strategia di sequenziamento o di un’analisi avanzata dei dati multi-omici, ti guidiamo in ogni fase per assicurarci che i tuoi risultati siano robusti, riproducibili e allineati con i tuoi quesiti biologici.

Analisi dei dati omici

Scopri nel dettaglio le nostre analisi bioinformatiche complete

La nostra profondità scientifica e la nostra competenza nel settore ci permettono di supportare progetti in tutto lo spettro delle scienze omiche. Dalla genomica alla metabolomica, offriamo servizi end-to-end su misura per i tuoi specifici obiettivi di ricerca.

Genomica

Offriamo soluzioni per esplorare i genomi da ogni prospettiva: assemblaggio di genomi completi, generazione di annotazioni di alta qualità, identificazione e interpretazione di varianti genetiche, collegamento a tratti fenotipici, studio dell’organizzazione 3D della cromatina e ricostruzione di relazioni evolutive.

applicazioni

analisi offerte

Assemblaggio del genoma

Dai dati grezzi a un genoma completo, fornendo ricostruzioni de novo per progetti di qualsiasi complessità.

Annotazione

Trasforma gli assemblaggi genomici grezzi in genomi annotati di alta qualità che rivelano geni, funzioni ed elementi regolatori.

Analisi delle varianti

Identifica, filtra e interpreta le varianti genetiche da WGS, WES o pannelli mirati, coprendo variazioni germinali, somatiche, strutturali e del numero di copie.

Analisi dell'organizzazione della cromatina

Ricostruisci e interpreta l’architettura 3D del genoma dai dati Hi-C, inclusi mappe di contatto, TAD, loop e analisi dei compartimenti.

Associazione dei tratti e studi di popolazione

Collega le varianti genetiche ai tratti attraverso GWAS, mappatura QTL e analisi della struttura della popolazione utilizzando WGS, WES, pannelli o dataset VCF esistenti.

Filogenomica

Studia le relazioni evolutive da dati genomici o trascrittomici con il rilevamento di geni ortologhi, allineamenti di sequenze multiple e ricostruzione di alberi filogenetici.

Trascrittomica

Forniamo soluzioni trascrittomiche per scoprire come i geni vengono espressi, regolati e interconnessi nei sistemi biologici. Dall’RNA-Seq bulk alla trascrittomica a singola cellula e spaziale, le nostre pipeline catturano l’attività genica a ogni scala — dai tessuti interi alle singole cellule — rivelando i cambiamenti trascrizionali che definiscono il fenotipo, la risposta e l’adattamento.

applicazioni

analisi offerte

Analisi RNA-Seq (profilazione dell'espressione)

Trasforma le letture di sequenziamento grezze in profili di espressione di alta qualità attraverso quantificazione, normalizzazione e analisi differenziale tra condizioni, trattamenti o punti temporali.

Annotazione del trascrittoma e scoperta di isoforme

Ricostruisci e annota i trascrittomi per identificare nuove isoforme, eventi di splicing alternativo e modelli genici, fornendo una visione approfondita della diversità dei trascritti e della complessità regolatoria.

Analisi dello splicing alternativo

Rileva e quantifica gli eventi di splicing alternativo per scoprire varianti di trascritti associate a tratti fenotipici, stadi di sviluppo o meccanismi patologici.

Profilazione dell'espressione di elementi ripetitivi e trasposoni

Misura l’espressione di elementi ripetitivi e trasponibili per esplorare la loro influenza sulla regolazione genica, sulla stabilità del genoma e sulle risposte allo stress.

Trascrittomica a singola cellula

Cattura l’eterogeneità trascrizionale a risoluzione cellulare. I nostri flussi di lavoro includono clustering, inferenza di traiettoria, annotazione del tipo cellulare e analisi della comunicazione cellula-cellula in tessuti o sistemi complessi.

Trascrittomica spaziale

Combina l’RNA-Seq con l’imaging ad alta risoluzione e il barcoding spaziale per mappare l’espressione genica nel contesto tissutale, collegando l’attività molecolare alla struttura microambientale e alle interazioni cellulari.

Inferenza di reti di regolazione genica

Integra i dati trascrittomici per modellare le reti di regolazione genica, identificando i principali fattori di trascrizione, i moduli di co-espressione e le vie di segnalazione che guidano le risposte biologiche.

Soluzioni trascrittomiche personalizzate

Progettiamo flussi di lavoro trascrittomici su misura per i tuoi obiettivi di ricerca. Che tu voglia profilare l’espressione genica in condizioni specifiche, caratterizzare la diversità dei trascritti tra i tessuti o studiare le risposte regolatorie ai trattamenti, il nostro team crea pipeline ottimizzate per soddisfare le tue esigenze esatte.

Metagenomica

Analizziamo comunità microbiche complesse — inclusi componenti batterici, archeali, fungini, eucariotici e virali — per fornire approfondimenti sia tassonomici che funzionali.
Le nostre pipeline combinano il sequenziamento avanzato con la bioinformatica integrata per collegare la composizione della comunità al suo potenziale funzionale. Dalla ricerca sul microbioma e le interazioni ospite-microbioma agli studi ambientali (eDNA) e alla sorveglianza clinica dei patogeni, offriamo soluzioni end-to-end per comprendere gli ecosistemi microbici e il loro impatto sulla salute, l’ambiente e l’industria.

applicazioni

analisi offerte

Sequenziamento di ampliconi (metabarcoding)

Prendi di mira marcatori genetici specifici per profilare le comunità microbiche con elevata precisione ed economicità, fornendo una classificazione tassonomica di batteri, funghi e altri microrganismi.

Metagenomica shotgun

Esegui analisi complete della comunità utilizzando il sequenziamento shotgun per esplorare la diversità microbica, la tassonomia e il potenziale funzionale. I nostri flussi di lavoro supportano sia la profilazione basata sulle letture per approfondimenti rapidi, sia la ricostruzione basata sull’assemblaggio di genomi assemblati da metagenomi (MAG) per identificare nuovi organismi e percorsi metabolici.

Metatrascrittomica

Caratterizza la frazione attiva delle comunità microbiche identificando quali specie sono metabolicamente attive e quali processi biologici stanno svolgendo in condizioni specifiche.

Metagenomica comparativa

Confronta i profili tassonomici e funzionali tra campioni, condizioni o punti temporali per scoprire cambiamenti temporali o ambientali nella struttura e nell’attività microbica.

Soluzioni metagenomiche personalizzate

Progetta flussi di lavoro metagenomici personalizzati in base agli obiettivi dello studio. Esplora la composizione del microbioma, traccia i geni di resistenza o studia la funzione dell’ecosistema, con pipeline ottimizzate che garantiscono un rilevamento accurato, un’analisi riproducibile e un’interpretazione biologica significativa.

Epigenomica

Forniamo una suite completa di flussi di lavoro per esplorare il panorama regolatorio del genoma. Le nostre analisi epigenomiche rivelano come la metilazione del DNA, la struttura della cromatina e le interazioni proteina-DNA controllino l’attività genica senza alterare la sequenza del DNA. Integrando questi livelli tra condizioni o stadi di sviluppo, sveliamo come i meccanismi epigenetici modellino l’identità cellulare, la progressione della malattia e il potenziale di riprogrammazione.

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analisi offerte

Profilazione della metilazione

Profila i pattern di metilazione del DNA a livello dell’intero genoma utilizzando WGBS, RRBS o saggi mirati per scoprire firme regolatorie, marcatori di identità cellulare e alterazioni epigenetiche associate alle malattie.

Accessibilità della cromatina

Mappa le regioni di cromatina aperta in tutto il genoma per rivelare promotori, enhancer e altri elementi regolatori utilizzando ATAC-seq, DNase-seq o FAIRE-seq.

Mappatura delle interazioni proteina-DNA

Identifica i siti di legame dei fattori di trascrizione, le modificazioni istoniche e altre interazioni regolatorie utilizzando ChIP-seq o CUT&RUN per definire le reti regolatorie attive.

Cattura della conformazione cromosomica (tecniche -C)

Analizza l’organizzazione tridimensionale del genoma e le interazioni della cromatina a lungo raggio utilizzando saggi mirati (4C, 5C) o a livello dell’intero genoma (Hi-C, HiChIP).

Analisi differenziale

Confronta gli stati epigenetici tra le condizioni per identificare regioni con metilazione, accessibilità della cromatina o legame proteico alterati utilizzando strumenti statistici e di visualizzazione avanzati.

Soluzioni epigenomiche personalizzate

Progetta pipeline personalizzate per esplorare specifici meccanismi regolatori, dagli studi di metilazione mirati alla profilazione epigenomica integrativa a più livelli, fornendo approfondimenti precisi e biologicamente significativi.

Proteomica

Analizziamo dataset proteici su larga scala per caratterizzare l’abbondanza, le modificazioni post-traduzionali e le interazioni proteina-proteina nei sistemi biologici.
Utilizzando flussi di lavoro LC-MS/MS avanzati e pipeline computazionali, forniamo approfondimenti quantitativi e qualitativi sulla composizione, la dinamica e la funzione dei proteomi in diverse condizioni.

applicazioni

analisi offerte

Identificazione e quantificazione delle proteine

Elabora i dati LC-MS/MS grezzi per rilevare, quantificare e annotare le proteine in diverse condizioni con elevata sensibilità e precisione.

Analisi dell'espressione differenziale

Identifica le proteine significativamente sovra- o sottoregolate tra trattamenti, fenotipi o stati patologici per individuare i driver molecolari del cambiamento.

Arricchimento funzionale e di pathway

Integra i dati proteici con i database GO, KEGG o Reactome per interpretare i processi biologici e i pathway molecolari.

Reti di interazione proteina-proteina

Ricostruisci e analizza le reti di interazione proteica per scoprire complessi molecolari, vie di segnalazione e principali hub regolatori.

Analisi delle modificazioni post-traduzionali (PTM)

Identifica e caratterizza la fosforilazione, l’acetilazione, l’ubiquitinazione e altre modificazioni che regolano la funzione, la localizzazione e la stabilità delle proteine.

Soluzioni proteomiche personalizzate

Costruisci flussi di lavoro proteomici su misura adattati al tuo sistema biologico, garantendo quantificazione di alta qualità, riproducibilità e interpretazione funzionale del tuo proteoma.

Metabolomica

Profiliamo i metaboliti per catturare lo stato biochimico di cellule, tessuti o organismi. Attraverso analisi avanzate LC-MS/MS, GC-MS e NMR, identifichiamo e quantifichiamo i metaboliti, rivelando come i pathway metabolici cambino in risposta alla genetica, all’ambiente o al trattamento. Le nostre soluzioni di metabolomica integrativa svelano le basi molecolari dei processi fisiologici, degli stati patologici e della bioproduzione industriale.

applicazioni

analisi offerte

Identificazione e quantificazione dei metaboliti

Elabora i dati grezzi di spettrometria di massa o NMR per rilevare, allineare e annotare i metaboliti con elevata precisione e riproducibilità.

Analisi differenziale dei metaboliti

Identifica cambiamenti metabolici significativi tra condizioni, punti temporali o trattamenti per evidenziare i pathway interessati e le risposte biologiche.

Analisi di pathway e network

Mappa i metaboliti sui pathway biochimici per interpretare i processi metabolici alla base dei cambiamenti osservati.

Modellazione multivariata e statistica

Applica analisi PCA, PLS-DA, clustering e correlazione per rivelare le relazioni tra i campioni, i pattern metabolici e le caratteristiche discriminanti.

Soluzioni metabolomiche personalizzate

Progetta flussi di lavoro specializzati per la metabolomica mirata o non mirata, garantendo una copertura ottimale, qualità dei dati e interpretazione su misura per i tuoi obiettivi di ricerca.

Integrazione multi-omica

Combiniamo più livelli molecolari in un quadro unificato che cattura il funzionamento dei sistemi biologici nel loro insieme. Integrando diversi tipi di dati attraverso la bioinformatica avanzata e la modellazione statistica, riveliamo interazioni tra i livelli, relazioni causali e proprietà emergenti che rimangono nascoste quando ogni omica viene studiata isolatamente.

applicazioni

analisi offerte

Correlazione e integrazione cross-omica

Integra e armonizza dataset provenienti da due o più livelli omici utilizzando reti di correlazione, fattorizzazione di matrici o approcci di Bayesian e machine learning per scoprire pattern regolatori condivisi.

Integrazione a livello di pathway

Mappa geni, proteine e metaboliti su pathway biologici comuni per rivelare come i cambiamenti molecolari si propagano attraverso i sistemi cellulari e collegano gli eventi molecolari ai risultati fenotipici.

Modellazione di network e multi-livello

Costruisci reti regolatorie e metaboliche multi-livello che collegano gli attori molecolari tra i domini omici, identificando i regolatori principali, gli hub e le vie di segnalazione chiave.

Scoperta di biomarcatori multi-omici

Integra dati genomici, trascrittomici, proteomici e metabolomici per identificare biomarcatori robusti e multi-livello per la classificazione delle malattie, la risposta al trattamento o l’adattamento ambientale.

Modellazione causale e predittiva

Utilizza framework statistici e di machine learning integrativi per prevedere i risultati dai profili omici combinati e derivare ipotesi meccanicistiche.

Pipeline integrative personalizzate

Progetta flussi di lavoro su misura per affrontare specifici obiettivi di ricerca, combinando diversi livelli omici e dataset esterni per analisi end-to-end completamente personalizzate.

come lavoriamo

Una combinazione di profonda competenza scientifica e strategie analitiche flessibili

Iniziamo comprendendo il contesto specifico e gli obiettivi del tuo progetto, quindi progettiamo ed eseguiamo flussi di lavoro bioinformatici personalizzati in base alle tue richieste, che forniscono risultati significativi e riproducibili. Dai dati grezzi all’interpretazione biologica, il nostro team assicura che ogni fase aggiunga valore e generi approfondimenti.

Sia che tu richieda un’analisi una tantum o una collaborazione continua, il nostro approccio si basa su una comunicazione stretta, una conoscenza specifica del dominio e un impegno per l’eccellenza scientifica.

Aspetti chiave

Cosa ci distingue

Competenza multi-omica

Competenza completa in tutto lo spettro omico: genomica, trascrittomica, metagenomica, epigenomica e oltre.

Supporto end-to-end

Dal disegno sperimentale e dalla strategia di sequenziamento all'analisi avanzata dei dati, all'integrazione e all'interpretazione.

Rigore scientifico

Team di esperti con solide basi scientifiche, elevato numero di pubblicazioni ed esperienza intersettoriale in salute umana, farmaceutica, agricoltura, biotecnologia e ricerca ambientale.

Scoperta accelerata

Collaboriamo in ogni fase per rendere la bioinformatica un alleato strategico nella tua ricerca.

Impatto scientifico globale

Dove la scienza incontra il servizio: oltre un decennio di esperienza. Tecnologia proprietaria e un’attenzione costante al tuo successo.

progetti di bioinformatica

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Paesi

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pubblicazioni su riviste prestigiose

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H-Index cumulativo

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Le nostre ultime pubblicazioni

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A Comprehensive Benchmark of GAIA 3 for 16S rRNA Taxonomic Classification

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MaterniCode: New Bioinformatic Pipeline to Detect Fetal Aneuploidies and Rearrangements Using Next-Generation Sequencing

Casi di studio

Svelare lo sviluppo dell’embrione umano con precisione a singola cellula

L'esigenza

I nuovi modelli di laboratorio dello sviluppo embrionale umano offrono enormi promesse per la medicina rigenerativa e i test farmacologici, ma dimostrare che questi modelli riflettano veramente la biologia umana reale è una sfida importante. I ricercatori generano enormi quantità di dati complessi, ma spesso mancano del tempo, degli strumenti o dell’esperienza per interpretarli completamente. Senza una chiara validazione e comprensione, anche gli approcci sperimentali più innovativi rischiano di non raggiungere il loro pieno potenziale.

La soluzione

Sequentia Biotech ha aiutato a trasformare dati complessi in chiara certezza biologica. Combinando analisi esperte dei dati con visualizzazioni intuitive e una stretta collaborazione scientifica, abbiamo permesso ai ricercatori di validare scientificamente i loro modelli embrionali e far progredire il loro lavoro più rapidamente.

Svelare il ruolo nascosto degli astrociti attraverso uno studio di mappatura cerebrale multispecie

L'esigenza

Gli astrociti sono stati a lungo trascurati nella ricerca cerebrale, eppure il loro ruolo nell’elaborazione delle informazioni rimane non del tutto compreso. Lo studio di queste cellule complesse tra specie e strati cerebrali genera dataset massicci e ad alta dimensionalità che richiedono competenze computazionali specialistiche. Un gruppo leader nella ricerca sulle neuroscienze necessitava di un partner in grado di affrontare le sfide tecniche e tradurre i dati di trascrittomica spaziale e di singoli nuclei in intuizioni biologiche significative.

La soluzione

Sequentia Biotech ha fornito competenze bioinformatiche end-to-end, trasformando i dati di sequenziamento grezzi in scoperte operative. Integrando dataset di trascrittoma spaziale e di singoli nuclei, il team ha mappato la diversità degli astrociti, svelato funzioni specifiche per strato e rivelato pattern evolutivi.

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