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Promuovere la Scienza Attraverso l'Open Source

Noi di Sequentia Biotech crediamo che il progresso scientifico sia accelerato dalla collaborazione e dalla trasparenza. Questa convinzione è al centro del nostro impegno verso la comunità bioinformatica attraverso lo sviluppo e il supporto di strumenti bioinformatici open source.

Database dei Geni di Resistenza delle Piante

Drago2 e PRG

Drago2 e PRG Disease Resistance Analysis and Gene Orthology (DRAGO 2) è una pipeline in silico per recuperare, annotare e classificare automaticamente i geni di resistenza delle piante. DRAGO 2 è lo strumento di annotazione ufficiale del PRGdb, il Database dei Geni di Resistenza delle Piante.

Il database dei geni di resistenza delle piante è un sito web open source, interamente sviluppato in formato MediaWiki, e rappresenta la prima risorsa bioinformatica che fornisce una panoramica completa dei geni di resistenza nelle piante.

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Strumento di Scoperta e Annotazione di lncRNA Vegetali

Code 0 e GreeNC

Oltre i geni si estende un universo di regolazione genetica: i long non-coding RNA (lncRNA). Code 0 è il nostro motore di scoperta di nuova generazione, progettato per decifrare e annotare gli lncRNA in qualsiasi genoma o trascrittoma di interesse.

Code 0 è stato applicato per analizzare i genomi di circa 100 specie vegetali e gli lncRNA identificati sono poi organizzati e resi accessibili in GreeNC, il nostro database completo. Con questi strumenti, diamo alla comunità scientifica la possibilità di decifrare nuovi livelli di controllo dell’espressione genica e il loro impatto sulla biologia.

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Genomica Marina per la Conservazione del Pesce Spada

Swordfishomics

Swordfishomics è un progetto pionieristico che si immerge nelle profondità del genoma del pesce spada (Xiphias gladius). Sequenziando il suo trascrittoma, abbiamo creato una risorsa pubblica senza precedenti per la comunità scientifica e le agenzie di conservazione.

Questo portale di dati aperti è fondamentale per la gestione sostenibile delle popolazioni di pesce spada nel Mediterraneo, fornendo informazioni genomiche chiave per la valutazione degli stock e la biologia delle specie.

È stato sviluppato nell’ambito del progetto “Stock Assessment of Xiphias gladius in the Mediterranean Sea”, commissionato dall’Università Politecnica delle Marche (Italia), in collaborazione con Cofrepeche e Oceanis, con l’obiettivo di proteggere i nostri oceani.

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